Para aqueles que descumprirem a legislação, estão previstas sanções administrativas (com penas aplicadas pelo Ministério da Agricultura) e penais (por meio de ação criminal proposta pelo Ministério Público), que variam de acordo com a infração. As administrativas possuem algumas etapas – advertência; multa; inutilização; suspensão ou cancelamento de autorização, registro ou licença; interdição de estabelecimento; destruição ou inutilização de alimentos e cultivos.
No caso das infrações que configuram crime, sanções penais vão de multas à prisão, de acordo com a infração. Os infratores podem ser enquadrados, por exemplo, na lei de Crimes Ambientais (Lei 9,605/98 – art 56) que pode resultar em detenção de 1 a 4 anos; sanções administrativas e reparação do dano ambiental; também são consideradas ações criminais, infrações contra a Lei dos Agrotóxicos (Lei 7.802/89 – art 15 e 16) que prevê reclusão de 2 a 4 anos; e Organização Criminosa (Lei 12.850/13) com possibilidade de reclusão de 3 a 8 anos.
